ГУП «Башгипронефтехим» был создан как отдел нефтепереработки института «Башнефтепроект» постановлением Совнархоза Башкирского экономического административного района № 15 от 5 октября 1957 года.

На протяжении последних двух десятилетий институт неоднократно менял названия, при этом специализация в проектировании оставалось неизменной. После слияния с Уфимским филиалом «Гипрокаучука» по приказу Министерства нефтепереработки и нефтехимии СССР № 42 от 16 мая 1966 года был преобразован в Уфимский филиал «Гипронефтезаводы».

Самостоятельным предприятием институт «Башгипронефтехим» становится по приказу № 3 Министерства нефтеперерабатывающей и нефтехимической промышленности СССР от января 1974г.

С 1999 года институт называется Государственное унитарное предприятие «Башгипронефтехим» (Постановление № 3552 от 5 октября 1999 года главы администрации Орджоникидзевского района г.Уфы).

ГУП «Башгипронефтехим» более 50 лет осуществляет комплексное проектирование всех этапов инвестиционного процесса нефтегазоперерабатывающих, нефтехимических и химических предприятий с объектами общезаводского хозяйства, товарно-сырьевыми парками, современными сливно-наливными эстакадами, насосными и компрессорными станциями, факельным хозяйством, межцеховыми коммуникациями, а также объектов гражданского назначения и других взрывоопасных производств и объектов, связанных с обращением или хранением взрывоопасных и токсичных веществ и смесей.